二十一世紀初, 「謎之侵略者」在十七天內毀滅近乎半顆地球。 此時, 一顆被稱作「石」的神秘結晶體, 成為人類最後的希望。 這顆「石」具備能挑選「適任者」的力量, 平均每八百萬人才會選出一名「適任者」, 而這群被挑選出來的「適任者」, 將被強制聚在一起, 並接受特殊科學忍術訓練。 為了消滅侵略者、為了打造究極兵器--這群被「石」所操控的科學忍者部隊, 名字就叫作「科學小飛俠」!