校務發展 
本校成立於民國84年,創校初便以向海外傳揚文化的使命,致力培育立足臺灣,且具備國際視野的全方位人才,同時關心並參與在地各項公共事務,建立在地人文關懷與社會實踐,放眼國際學術交流與行動推展。
(1)深耕在地、永續發展
設有人文、管理、科技、教育、水沙連等5個學院,專任教師約270 位、各班制學生共約6 千人,系所教研發展特別考量在地需求,陸續成立多個與地方發展密切相關系所,致力規劃東南亞特色教學,關心外籍勞工在地工作權益與新住民生計發展及社會適應等重要課題,結合在地城鎮, 形成共生一體的「大學城」學習模式。
(2)因材施教、培育專業
除專業學科人才培育,近年積極從在地議題出發,聘請相關業師開設以社會實踐作為教學目標的跨領域學程,同時於校園營造環境教育實作場域。其次,基於跨領域學習的重要性,近年來陸續規劃專業技術證照暨實務技能的就業培訓與課程,豐富學生跨領域知識與創新實作能力的學習涵養。
(3)社會實踐,行動研究
成立東南亞研究中心、原住民族文化教育暨生計發展中心、前瞻性高科技研究中心及水沙連人文創新與社會實踐研究中心等,關注與協力地方發展,引導師生走進社區、藉由行動設計與知識實踐, 推動社區環境美學、綠色經濟、鄰里互動、文化振興及公民參與意識與機制建立。
(4)建構綠色環境,推動特色運動
坐落於埔里往日月潭的中潭公路旁,校園草原綠地連綿起伏,綠蔭美景處處,也是11種蛙類、112種蝴蝶、穿山甲之棲地,融合綠能、廢棄物減量、智慧機械;是世界著名的綠色大學,本校也利用地理優勢, 結合環境資源, 發展具有在地特色的競技運動,包括划船、射箭、壘球、高爾夫球、國際標準舞、網球及游泳。另招收運動績優生, 培育運動人才,參與國內外競賽,為國為校爭光。
(5)迎往東南亞、發現新世界
以「深耕水沙連,迎往東南亞」為辦學特色。「深耕水沙連」係以各學院專業為主體,積極與南投地方公共社群組織合作;「迎往東南亞」則是鏈結各類型東南亞的學習資源,透過移地學習、創新研究,開展各項人才交流、海外志工等,進行學術與實務交流,提升學生國際視野與企業實習經驗,更持續投入境外生的輔導,造就年年成長的境外生比例。
校務組織 
- 校長
- 副校長
- 校務會議
- 行政會議
- 💻行政系統
- ●教務處
- ●學生事務處
- ●總務處
- ●研究發展處
- ●國際及兩岸事務處
- ●圖書館
- ●計算機與網路中心
- ●環境保護暨安全衛生中心
- ●秘書室
- ●人事室
- ●主計室
- 💡 教學系統
- ●人文學院
- 中國語文學系(含博、碩士班)
- 外國語文學系(含碩士班)
- 社會政策與社會工作學系(含博、碩士班)
- 公共行政與政策學系(含博、碩士班、碩士在職專班)
- 歷史學系(含博、碩士班)
- 東南亞學系(含博、碩士班、人類學碩士班、碩士在職專班)
- 華語文教學碩士學位學程(碩士班)
- 非營利組織經營管理碩士學位學程在職專班(碩士在職專班)
- 原住民文化產業與社會工作學士學位學程專班原住民族專班
- 文化創意與社會行銷碩士學位學程
- 長期照顧經營管理碩士在職學位學程
- ●管理學院
- 國際企業學系(含博、碩士班)
- 經濟學系(含碩士班)
- 資訊管理學系(含碩士班)
- 財務金融學系(含碩士班)
- 觀光休閒與餐旅管理學系(含碩士班)
- 管理學院高階經營管理碩士學位學程(碩士在職專班)
- 新興產業策略與發展博士學位學程
- 新興產業策略與發展碩士學位學程
- 管理學院兩岸高階主管經營管理境外碩士在職學位學程
- 管理學院學士班
- ●科技學院
- 資訊工程學系(含博、碩士班)
- 土木工程學系(含博、碩士班)
- 電機工程學系(含博、碩士班、通訊工程碩、博士班)
- 應用化學學系(含博、碩士班、生物醫學碩士班)
- 應用材料及光電工程學系(含碩士班)
- 科技學院學士班
- 人工智慧與機器人碩士學位學程
- 智慧精準農業產學研發博士學位學程
- ●教育學院
- 國際文教與比較教育學系(含博、碩士班)
- 教育政策與行政學系(含博、碩士班)
- 諮商心理與人力資源發展學系
- 輔導與諮商博士班
- 輔導與諮商碩士班
- 終身學習與人力資源發展碩士班
- 課程教學與科技研究所(碩士班)
- 終生學習與人力資源發展碩士學位學程(碩士在職專班)
- 心理健康與諮詢碩士學位學程在職專班(碩士在職專班)
- 教育學院學士班
- 心理健康與輔導諮商碩士在職進修新加坡境外專班
- ●水沙連學院
- 地方創生與跨域治理碩士學位學程
- ●護理暨健康福祉學院
- 護理學系
- 高齡健康與長期照顧管理學士學位學程原住民族專班
- ●通識教育中心
- 綜合教學組
- 體育組
- ●國立暨南國際大學附屬高級中學
- ●人文學院
- 🔍研究系統
- ●校級中心
- 師資培育中心
- 語文教學中心
- 校務研究中心
- ●任務型校級中心
- 東南亞研究中心
- 原住民族文化教育暨生計發展中心
- 前瞻性高科技研究中心
- 水沙連人文創新與社會實踐研究中心
- 教育部大學社會責任推動中心
- 雙語教學推動資源中心
- 教育大數據系統服務中心
- 保羅國際議題跨域行動研究中心
- ●校級中心
- 💻行政系統
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