民國88年9月21日凌晨1：47發生芮氏7.3級強烈的集集大地震，本校地處埔里盆地外圍，校舍受相當破壞，需費時復建。9月22日正逢本校88學年度開學日，為保障學生受教權，全校北遷暫借臺大、師大、政大等校復課。半年後，89年3月8日再返回埔里校區上課。

暨大所在的埔里鎮受災嚴重，當然也造成本校入口的邊坡崩落，以及各建物非結構物與部份結構物損害，師生經歷沒水沒電、管線破裂與通訊中斷等震災惨況，是現今就學的同學們很難體會的經驗。震後學校進行邊坡整治與建物結構補強，本校綜合教學大樓外牆因震損而補強的鋼構，刻意漆上土耳其藍，正是在紀念這段歷史，或可稍窺當時地震災害。